现有内设机构14个（办公室、法规科、财务科、特种设备监管科、药品医疗器械监督管理科、消费者投诉举报管理科、市场监管科、标准计量科、食品安全综合协调科、食品餐饮安全监督管理科、食品安全监督管理科、安全监管科、行政审批科、知识产权科），直属机构1个（执法大队），全额拨款事业单位1个（区知识产权维权援助中心），市场监督管理分局5个（板桥分局、连云分局、自贸区分局、墟沟分局、宿城分局）。