区司法局设下列内设机构：

办公室、法治调研督察科(依法治区办秘书科)、行政复议应诉科、行政执法协调监督科、备案审查科、社区矫正管理科(连云区社区矫正管理大队)、普法与依法治理科、公证律师管理科、基层工作科、法律援助管理科（区法律援助中心）