连云区住房和城乡建设局现有内设机构8个(办公室、城乡建设科、市政绿化科、房产与征收管理科、交通运输科、安全生产监督管理科、督查统考核科（统计科）、城建监察科)，全额拨款事业单位6个(连云区建筑工程招标投标管理办公室、连云区城乡建设服务中心、连云区房屋征收服务中心、连云区建设工程质量安全监督站、连云区总工程师办公室、连云区物业管理中心)，差额拨款事业单位1个(连云区公用事业发展中心)。